"Zu Beginn der Geschäftstätigkeit ist es wichtig,
aus der Vielzahl verfügbarer Lösungen die passende
Shop-Software zu wählen. Sie muss günstig zu beziehen
und zu betreiben sein sowie den stetig steigenden
Anforderungen durch eine zukünftige Expansion genügen.
Ein späterer Wechsel der Shop-Software ist in
der Regel mit hohem Aufwand verbunden."

Martin Wild, Geschäftsführer hoh.de in E-Commerce Leitfaden, ibi research Uni Regensburg.

Shop-Software auf PHP/MySQL-Basis gibt es reichlich. Neben Fragen wie Artikelanzahl, Anbindung an bestehende betriebsinterne Prozesse und ob welcher Charakter die Webpräsenz später haben wird stellen sich auch viele Detailfragen an die Erweiterbarkeit und die Qualität der Software.

Orientierung in der Vielzahl der Möglichkeiten bietet die Lopstaliste.

Sie bietet eine Marktübersicht über 31 Shopsysteme. Wie gesagt nur PHP/MySQL, aber die decken schätzungsweise auch 90% der Onlineshops ab.

Ganz zu schweigen von Exoten wie z.B. Satchmo der in Python (aufbauend auf dem Django-Framework) realisiert wurde. Ruby on Rails, Perl, JSP,... der Vielzahl sind keine Grenzen gesetzt.

Da PHP am weitesten verbreitet ist und ich auf eine flexible Softwarebasis mit Möglichkeiten zur Erweiterung über Module (per hooks/filter) achte, sind für mich die folgenden Shops/Systeme am bedeutendsten:
Drupal Ubercart
Drupal Ecommerce
Magento
Veyton (entstanden aus os:Commerce->xt:Commerce->nun in Version 4 kostenpflichtig und nicht mehr quelloffen - schade dass die Autoren das OSS-Konzept verlassen)
Oxid Esales

Letztlich kommt es bei einem Onlineshop aber neben einer regen Community mit vielfältigen Erweiterungen auch darauf an, den für den Kunden Richtigen auszuwählen. Ein reiner Profi-Seller von Massenware mit 200.000+ Artikeln hat andere Anforderungen als ein Spezial-Shop der konfigurierbare Produkte oder gar Dienstleistungen anbieten will.

Wer also ohne Vorkenntnisse in den E-Commerce-Markt einsteigen will, sollte sich vorher etwas Zeit nehmen sich vom Fachmann beraten lassen und die Produkte auszuprobieren. Wenn der Shop erstmal steht, ist ein Wechsel kosten- und zeitintensiv, darum lieber vorher planen, ausprobieren und beraten lassen. Viel Spass mit dem neuen Shop!